Análisis del efecto traduccional de PDCD4 en células neuronales mediante secuenciación masiva de huellas polisomales

Recientemente se ha adjudicado a la proteína PDCD4 un rol regulador negativo del inicio de la traducción reprimiendo la síntesis proteica de mensajeros específicos. En trabajos preliminares hemos encontrado que PDCD4 se expresa en niveles altos en dominios dendríticos y axonales del sistema nervioso central, en diversos tipos neuronales. Por otra parte, en otros modelos celulares hemos apreciado un amplio espectro de regulación traduccional por parte de esta proteína. Estas razones son las que motivan el presente estudio en el cual buscamos responder cuales son los blancos de regulación traduccional de PDCD4 en neuronas. Para esto hemos decidido aplicar la metodología de Ribosome Profiling en modelos neuronales. Particularmente trabajaremos con la línea celular PC12 de rata, que es capaz de diferenciar a neuronas en presencia de NGF. Respecto a la metodología, en la cual ya hemos trabajado previamente y contamos con experiencia y recursos para el análisis de los datos producidos por la misma, consta esencialmente en cuantificar la abundancia de ribosomas sobre ARN mensajeros. Para esto utiliza una combinación de ensayos de protección de ARNasas, secuenciación masiva y bioinformática. En base a esto, se pueden comparar niveles traduccionales de los distintos genes, entre una condición control y otra en la cual la expresión de la proteína PDCD4 ha sido silenciada. Así podemos inferir en gran escala, cuales mensajeros son blancos traduccionales de PDCD4 y verificarlo posteriormente mediante otras técnicas como qRT-PCR en gradientes polisomales. De esta forma, el presente proyecto implicaría la posibilidad de conocer cuáles son los blancos traduccionales de PDCD4 a escala ómica en modelos neuronales donde su función no ha sido descrita en detalle.