Genómica evolutiva y funcional de Salmonella entérica, rol de la regulación mediada por ARNs no codificantes pequeños en la patogenicidad diferencial observada en distintos linajes.

Salmonella enterica es un patógeno de aves y mamíferos, que se distribuye mundialmente y que tiene un impacto considerable en la salud humana y animal, siendo el principal agente causal de infecciones transmitidas por alimentos. Los distintos serotipos dentro de la especie presentan diferencias importantes en el potencial epidémico, la virulencia y la patogenicidad. Las bases genéticas de estas diferencias no se entienden por completo, probablemente porque son el resultado de una combinación de múltiples cambios genéticos ocurridos a lo largo de la evolución. El análisis genómico y fenotípico de las cepas de Salmonella enterica es una de las líneas de investigación dentro el Departamento de Desarrollo Biotecnológico, en el Dpto. se dispone una base de datos con cientos de genomas de la especie, incluidos 200 de cepas aisladas en el Uruguay. Los ARN no codificantes pequeños (ARNncp) son una nueva clase de reguladores de la expresión génica, conservada en bacterias, tienen menos de 250 nucleótidos de longitud y actúan principalmente como ARN antisentido sobre múltiples ARN mensajeros blanco. Así afectan el proceso de traducción y/o la estabilidad de su ARN mensajero. El desarrollo de la secuenciación masiva y las estrategias genómicas han permitido apreciar el rol de estos elementos, involucrados en respuesta al estrés, regulación del metabolismo, regulación de la transferencia horizontal, control de la composición de la envoltura y virulencia en patógenos. A pesar de su rol relevante, hasta el momento pocos trabajos han abordado exclusivamente el estudio comparativo de los ARNncp y su red de ARNm blanco regulados en S. enterica. Menos aún son los trabajos que han investigado la posible asociación de las variaciones fenotípicas observadas entre los distintos linajes con la variabilidad genética asociada a los elementos que forman esta red regulatoria. Este proyecto se enmarca dentro del área de la Genómica, subáreas Genómica Comparativa y Funcional. Mediante el uso de herramientas bioinformáticas el proyecto propone estudiar la evolución y la variablidad de los ARNncp y ARNm, dentro y entre serotipos. Además, el proyecto propone, mediante análisis transcriptomicos, estudiar el rol funcional de los ARNncp y sus genes blancos en las diferencias fenotípicas observadas entre cepas de serotipos Dublin y Enteritidis. Se estudiaran los perfiles transcripcionales de las cepas en ensayos de invasibilidad, supervivencia en clara de huevo y movilidad. El proyecto propuesto contribuirá en varios aspectos: i) permitirá identificar actores moleculares posiblemente responsables de las diferencias fenotípicas entre los serotipos de este importante patógeno transmitido por alimentos, ii) complementará los estudios que se desarrollan actualmente en el Departamento en S. enterica, iii) consolidará el desarrollo de una línea de trabajo liderada por un investigador joven y iv) contribuirá a la formación de recursos humanos en el área de genómica y la biología computacional.