REANOTACIÓN Y ANÁLISIS DE GENOMAS DE PLATELMINTOS INCORPORANDO HERRAMIENTAS TRANSCRIPTOMICAS DE TERCERA GENERACIÓN

Los platelmintos parásitos implican una importante carga al desarrollo humano, por su gran impacto en la salud humana y en la producción animal. Además de su interés sanitario y productivo, los platelmintos son interesantes como organismos modelo, pues representan el linaje menos estudiado de los metazoarios. Las nuevas tecnologías de secuenciación masiva han permitido comenzar a conocer los genomas y transcriptomas de trematodos y cestodos. Nuestro grupo ha aportado a la elucidación de los primeros borradores de los genomas del trematodo Fasciola hepatica y el cestodo Mesocestoides corti. Sorprendentemente, el genoma de F.hepatica es el más grande de todos los helmintos, más de tres veces mayor que el del trematodo modelo Schistosoma mansoni, mientras que el de M.corti es pequeño al igual que los genomas de los otros cestodos. El gran tamaño del genoma de F.hepatica y la abundancia de repetidos, ha dificultado la correcta identificación y anotación de genes completos. Esto limita la utilidad de esta herramienta para la identificación y el estudio de la expresión diferencial de genes y vías relevantes en el desarrollo, invasión y adaptación al parasitismo, que ofrezcan eventualmente nuevos blancos de acción antiparasitaria. Las tecnologías de secuenciación de tercera generación como PacBio, que permiten lecturas largas, son ideales para resolver estas dificultades, por lo que proponemos utilizarlas para generar un set de transcriptos completos, que guíe la redefinición de los modelos génicos. En paralelo utilizaremos el remapeo de toda la información transcriptómica disponible para proveer soporte y profundidad a los modelos génicos completos. Dado que no existen datos transcriptómicos asociados a la invasión y persistencia en el huésped intermediario, generaremos datos sobre estos estadios. A diferencia del de F.hepatica, el borrador del genoma de M.corti fue generado sin soporte de datos transcriptómicos. Hemos generado los primeros datos transcriptómicos de M.corti los que serán utilizados para mejorar la anotación existente en este organismo, evaluando nuevos paquetes informáticos para tal fin. La re-anotación inicial se enriquecerá luego mediante la búsqueda de dominios proteicos conservados, el enriquecimiento de ontologías génicas y conservación de vías metabólicas. La anotación mejorada de los genomas de F.hepatica y M.corti nos permitirá analizar en mayor detalle vías metabólicas que presentan diferencias entre diversos grupos de platelmintos, y que pueden aportar a la identificación de posibles blancos de intervención específicos. Analizaremos la expresión diferencial de genes, focalizando en los vinculados al desarrollo, invasión y resistencia a drogas como mecanismos esenciales de adaptación al parasitismo. En paralelo, se generaran sondas para localizar la expresión de los transcriptos de interés mediante hibridación in situ. En conjunto estos enfoques permitirán ofrecer una herramienta útil para avanzar en el conocimiento de la biología de los platelmintos.