Análisis in silico sobre la plasticidad genómica en bacterias de la familia Comamonadaceae.

En el siguiente proyecto se pretenderá estudiar la plasticidad del genoma de la familia de bacterias Comamonadaceae. Para ello, se descargarán del sitio web GenBank los genomas de los organismos de la mencionada familia que estén completamente secuenciados, además de identificar la posición de los genes ortólogos, considerando estos como genes que se comparten por los eventos de especiación. A partir de esta información se realizará la construcción de un árbol filogenético de la familia en base a su secuencia 16S ARN ribosomal y la concatenación de proteínas ribosomales. Con estos datos se estudiará a través de un análisis gráfico para comparar entre organismos de la familia los rearreglos cromosómicos tales como inversiones, indels (inserción/deleción) y transferencia horizontal de genes (THG). Posteriormente se vinculará la plasticidad obtenida con características fisiológicas de cada organismo según el medio en que viven. Es de nuestro interés hacer un PAIE para acercarnos a la investigación científica y encontramos este proyecto una buena oportunidad para estudiantes de grado que buscan mejorar su formación, adquirir experiencia ya sea desde búsqueda bibliográfica hasta exposición oral, y sobre todo aprender la metodología para investigar en los temas de nuestro interés. La idea inicial fue combinar las disciplinas Biología y Matemática, comenzamos a consultar con distintos investigadores de las áreas relacionadas. Para esto volvimos a tomar contacto con el Laboratorio de Biomtemática, donde hablamos con un docente (ahora nuestro tutor) quien nos acercó a las temáticas que vinculan a las dos áreas. Luego de que nos mostrara en como poder llevar adelante el proyecto y que nos explicara algunos conceptos básicos que no teníamos en cuenta, nos decidimos por elegir el presente objetivo del proyecto, considerando que en el transcurso del mismo incorporaríamos técnicas bioinformáticas que serán de nuestro interés para nuestra formación académica, además de que podremos aprender y sacar conclusiones relevantes para la comunidad científica, lo cual nos parece motivante.