Ensamblaje y anotación de la cepa americana de T. vivax (LIEM-176)

La tripanosomiasis es una enfermedad mundial que afecta a humanos y animales tanto salvajes como de consumo. Se encuentra ampliamente distribuida e impacta en la salud de la población y la economía. La tripanosomiasis Africana aqueja a unos 5 millones de personas del África subsahariana (enfermedad del sueño). En el ganado la enfermedad es llamada Nagana y puede producir un fuerte impacto en la economía de los países afectados debido a importantes pérdidas en la ganadería. T. vivax es uno de los tripanosomas que produce Nagana y fue introducido en Sudamérica y el Caribe a mediados del siglo XIX en la Guayana francesa a través de ganado procedente de Senegal posteriormente expandiéndose desde Mexico a Rio Grande do Sul. Esto indica que el riesgo de que nuestro país se vea afectado por esta zoonosis es alto. En el GenBank se encuentran datos de anotación aportados por el Sanger Center sobre la variante africana de T. vivax. (cepa Y486) pero no se cuenta con información sobre la variante americana LIEM-176 de este parásito por lo cual es de interés caracterizar su genoma nuclear y mitocondrial. Los tripanosomas poseen una mitocondria altamente desarrollada, llamada kinetoplasto. En T. brucei donde está mejor caracterizado el ADN mitocondrial está constituido por unos 30-50 maxicírculos de unos 20 kbp y 5000-10000 minicirculos de aproximadamente 1 kbp formando una red entrelazada altamente organizada. Los maxicírculos se encuentran relativamente conservados, en cambio la organización genómica y complejidad de los minicirculos varía entre diferentes especies de tripanosomas y comprende alrededor del 20% del ADN celular. En una primera etapa se buscará ensamblar de novo el genoma mitocondrial del maxicírculo, y el de varios minicirculos con el fin de comparar dicho genomas entre las distintas especies de tripanosomas africanos. La característica más distintiva de los tripanosomas africanos está relacionada con la evasión a la respuesta inmune, y esta consiste en la expresión secuencial de genes extremadamente variables, que codifican para diferentes copias de Glicoproteínas Variables de Superficie (VSGs). Se buscará identificar y caracterizar in silico los Sitios de Expresión, es decir las regiones genomicas donde está ubicado el gen VSG que se expresa, lo que permitirá subsecuentes estudios de la expresión de estos genes en esta especie. Ya contamos con datos de secuenciado profundo (NGS) tanto genómico como del transcriptoma de T. vivax (cepa LIEM-176) realizados en IPMONT con tecnología Illumina GAIIx. Ensamblaremos el genoma utilizando herramientas libres como AbySS; para posteriormente realizar la anotación del mismo comparando las variantes que pueda presentar esta cepa con la africana, ya anotada. Con la información de los ensamblados, anotación y análisis de expresión se realizara una base de datos utilizando un framework de desarrollo web en Python, una base de datos en MySQL e integrar herramientas de visualización de genomas y datos de NGS como GeneBrowser.